Dødehavsskrifterne er ikke inddelt i kapitler og vers, men i spalter og linjer. Henvisninger følger denne praksis:
Hvis skriftet er delt i flere fragmenter, angives dette med arabertal efter skriftets forkortelse.
Kolonne angives med romertal, og efter et komma angives linje med arabertal.
1Q27 1 II,25-26 (Dvs. fragment 1, kolonne 2, linjerne 25-26 fra 1Q27)
4QpIsac 4-7 II,2-4 (Dvs. kolonne 2, linjerne 2-4 fra tredje kopi af 4QpIsa)
1QS VIII,5-IX,3; IX,9-10; 4Q174 1-3 I,6-7.