Ligesom der henvises til de bibelske skrifter med danske forkortelser, bør der også henvises til Josefus’ skrifter med danske forkortelser, selvom ikke alle skrifterne foreligger i nyere danske oversættelser. Ved første henvisning kan den latinske titel angives i parentes.
| Latinsk titel | Latinsk forkortelse | Engelsk forkortelse | Dansk titel | Dansk forkortelse |
| Vita | Vita | Life | Flavius Josefus’ liv | Liv |
| Contra Apionem | C. Ap. | Ag. Ap. | Mod Apion [1] | Apion |
| Antiquitates judaicae | A.J. | Ant. | De jødiske antikviteter/Jødernes oldtidshistorie [2] | Oldtid |
| Bellum judaicum | B.J. | J.W. | Den jødiske krig [3] | Krig |
[1] Flavius Josefus, Mod Apion: Oversættelse, indledning og noter af Niels Henningsen (Frederiksberg: Eksistensen, 2016), 35-99.
[2] Ant 13.5.9 §171-173 findes i Ejrnæs, Holst og Müller, Dødehavsskrifterne og de antikke kilder om essæerne, 570–71. Ant 18.1.2-6 §11-25 findes i Sigfred Pedersen (red.), Den nytestamentlige tids historie, 1. udg., Dansk kommentar til Det nye Testamente 2 (Århus: Aarhus universitetsforlag, 1994), 444-46.
[3] Flavius Josefus, Den jødiske krig, oversat af Erling Harsberg (København: Museum Tusculanum, 1997).
Der henvises til Josefus’ skrifter efter to systemer: Det ældste system inddeler teksten i kapitler og afsnit (Whiston), foruden Josefus’ egen inddeling i bøger, mens det yngre system inddeler bøgerne i mindre stykker nummeret fortløbende.
Det yngre system er mest nøjagtigt, men det ældste system er meget udbredt. Begge systemer bør derfor anvendes:
Ant 15.10.3 §373-379; Krig 4.9.4 §510; 4.9.3-12 §503-584.
En omregning fx findes her eller ved at slå afsnittet op i Perseus Digital Library.